Dulu, pada pilpres 2014, La Nyalla memojokkan Jokowi. Dia menyebut petugas partai PDIP itu terlibat PKI, Kristen dan keturunan Tionghoa. Tetapi pada 28 Oktober 2018, La Nyalla bertemu langsung dengan Jokowi. Dia meminta maaf atas ucapannya. Jokowi mengatakan dia memaafkan La Nyalla.
Dalam pertemuan dengan para ulama di masjid Baitussalam, Bogor, 21/11/ 2018, Jokowi menunjukkan kemarahannya terhadap tudingan bahwa dia PKI. Di depan para ulama, Jokowi menjawab apa yang ia sebut fitnah itu.
“Saya sudah 4 tahun ini banyak isu, ada isu tapi saya tidak pernah menjawabnya. Tapi kali ini mumpung bertemu para ulama saya ingin sampaikan,” kata Jokowi.
Ungkapan kemarahan dilanjutkan Jokowi ketika membagi-bagikan sertifikat tanah di Lampung Tengah pada 23 November 2018. Dia berkata, dia akan mencari orang yang memfitnahnya. Jokowi mengatakan dia akan menabok orang itu.
Menyusul peringatan keras Jokowi itu, La Nyalla pun kelihatan tersindir. Walaupun dia sudah meminta maaf dan Jokowi menerimanya. Memang tidak jelas siapa yang dimaksud Jokowi “mau saya tabok, orangnya di mana, saya cari betul” (Tempo, 11 Desember 2018).
Pada 11 Desember 2018, La Nyala mendatangi Kiyai Ma’ruf Amin di Jakarta. Kiyai Ma’ruf waktu itu berstatus sebagai cawapres Jokowi untuk pilpres 2019. La Nyalla menyatakan dia akan memenangkan Jokowi-Ma’ruf. Mantan Ketua MPW Pancasila Jawa Timur ini memang habis-habisan mengkampanyekan Jokowi. Sekaligus, La Nyalla meninggalkan Prabowo yang semula didukungnya.
Setelah Jokowi duduk sebagai presiden 20 Oktober 2019, pelan-pelan La Nyalla menjauh. Di bulan Juni 2021, mantan ketua umum PSSI (2012-2016) ini mulai mengkritik Jokowi. La Nyalla mengatakan dia telah mengunjungi 32 provinsi. Dia melakukan diskusi dengan berbagai simpul masyarakat, terutama kalangan perguruan tinggi. Dia simpulkan bahwa keadaan amburadul yang melanda Indonesia akhir-akhir ini. Bukan karena masalah yang terjadi di hilir melainkan karena masalah di hulu.
